Gli altri lavori compiuti nell'estate del 1995 hanno riguardato la costruzione di un nuovo centro medico, ampliato, modernizzato e dislocato in una posizione più razionale, facilmente raggiungibile anche dai box; accanto ad esso è stato creato un eliporto di soccorso. E' stato poi riasfaltato e reso più piano e scorrevole il manto stradale nel tratto che corre dalla variante Ascari fino alla prima variante. Sono stati rifatti i cordoli a bordo pista (in particolare quelli delle varianti Ascari e della Roggia, ora con superficie liscia); è stato ampliato lo spazio di fuga della prima variante ed è stato alzato il muretto della corsia box di 50 centimetri. I lavori, nel loro complesso, sono costati circa 5 miliardi e mezzo di lire, a carico della SIAS, la società che gestisce l'autodromo. Infine, nel 1997 i posti a sedere dislocati in varie tribune sono stati portati da circa 45 mila a quasi 51 mila, mentre il padiglione che ospitava il museo delle auto storiche è stato destinato ad altri usi. Le innovazioni hanno purtroppo comportato l'abbattimento di 185 alberi e ciò ha scatenato in alcuni ambienti accese polemiche che si sono comunque presto esaurite dato che per ogni albero tagliato (anche malato o di scarso interesse botanico) è stata prevista la messa a dimora di tre alberi per un totale di 555, tutti di essenze pregiate, in altre zone dell'area dell'autodromo. Questa operazione è stata compiuta dopo che una speciale commissione tecnica formata da rappresentanti della Regione Lombardia, dei Comuni di Milano e Monza, della Soprintendenza regionale ai monumenti e del Consorzio della Valle del Lambro ha portato a termine lo studio idrogeologico della zona per mettere ordine nel patrimonio arboreo. Grazie all'autodromo e agli stanziamenti messi a disposizione dopo tanti anni di incuria, finalmente il parco di Monza è stato oggetto di una completa e profonda opera di manutenzione, attraverso un piano generale di riqualificazione. Insomma, una pista più sicura in un parco più bello.
Nel 2000 viene modificata la prima variante che ora diventa piu' secca.
La conformazione della pista e delle strutture logistiche rimasero immutate sino al 2002, quando si decise di ampliare il complesso box e di aggiungere una palazzina servizi al posto della vecchia entrata in pista caratterizzata dalle due famosi torri. I lavori cominciarono nel gennaio 2002 e già per il Gran Premio d'Italia di quell'anno le strutture principali furono pronte; vennero aggiunti 10 nuovi box di grandi dimensioni verso sud, lato curva parabolica, e realizzata la struttura base della nuova palazzina servizi. I lavori furono completati nell'agosto 2003, pochi giorni prima del classico appuntamento con il Gran Premio d'Italia.